※ 前提条件:公式パッケージのみを使用する
公式リポジトリでは ibus-mozc と fcitx-mozc という2つの IM 向けの mozc エンジンが提供されていますが、現状では ibus-1.5.4 は正常に動作せず、ibus-mozc による日本語入力を行えません。従って mozc を使った日本語入力を行うには、必然的に fcitx を選択することになります。
【 2014年3月19日 追記 】
64bit版向けの公式リポジトリでは uim-mozc も提供されていますので、64bit版では uim 上で mozc を使うことが可能です。なお32bit版向けには何故か提供されていません。(野良リポジトリでは32bit版向けも提供済み)
--- 追記ここまで ---
で、fcitx で mozc による日本語入力を行う為には、fcitx-mozc パッケージをインストールします。依存関係で、fcitx, fcitx-data, fcitx-gtk2, fcitx-libs の各パッケージも同時にインストールされます。
これらのパッケージ以外にも、fcitx-qt4 パッケージのインストールもお勧めします。fcitx-gtk3 はお好みでどうぞ。
また、fcitx の設定ツール用パッケージのインストールも強くお勧めします。KDE 環境な方は kcm-fcitx を、KDE 以外の環境な方は fcitx-configtool をインストールしてください。
必要なパッケージをインストールしたら、「入力メソッドの選択」ツールを使って fcitx 用の設定を行います。「入力メソッドの選択」は KDE の場合には、メニューの [その他のアプリケーション] → [設定] 下にあります。
ツールを起動したら fcitx を選択します。
[OK] を押すとシステムワイドな設定にするか現在のユーザーだけの設定にするか尋ねてきますので、お好きな方を選択してください。
終了メッセージが表示されたら再ログイン又は再起動を行ってください。(再ログインの場合「Synaptic が起動できなくなる」という問題が発生するケースが有る様なので、再起動の方を推奨します)
なお GUI な「入力メソッドの選択」を使用する代わりに、ターミナルから
$ setime fcitx
と実行しても OK です。